吉宁博士观点
为了规范企业所得税申报，国家税务总局制定了《企业所得税纳税申表》，明确了申表各行间的逻辑关系，纳税人只要按照该表的要求填列各项内容，即可计算出正确的应纳税所得额和应纳所得税额。但是在一些非凡情况下，申表有关项目必须根据实际情况分析填列，才能计算出正确的应纳税所得额和应纳所得税额。投资收益就是其中的一项。
一、资助非关联的科研机构和高等学校的研究开发经费支出
(财政部、国家税务总局《关于非营利性科研机构税收政策的通知》财税[2001]5号)规定，自2001年1月1日起，对社会力量，包括企业单位、事业单位、社会团体、个人和个体工商户，资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费，经主管税务机关审核确定，其资助支出可以全额在当年度应纳税所得额中扣除。当年度应纳税所得额不足抵扣的，不得结转抵扣。
对不符合条件的“纳税人资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费”不得税前扣除。其中：不符合条件是指：
(1)存在关联关系：隶属关系、投资关系、虽不存在隶属关系（投资关系）但其研究成果只提供给资助企业（有排他性）；
(2)有关凭证的合法性、真实性；
(3)资助款是否用于该机构以及是否用于新产品、新技术、新工艺的研究开发。
疑问：在纳税申报表中“公益、救济性捐赠”项目上未涉及，纳税调整减少项目上也未涉及。
建议：处理方法一：从性质上，应比照全额扣除的公益、救济性捐赠处理，对不符合条件的视同赞助支出。
处理方法二：经主管税务机关审核后，作为纳税调整减少项目金额。
二、工会经费的扣除问题
《工会法》第五章第四十二条：工会经费的来源第二款规定：“建立工会组织的企业、事业单位、机关按每月全部职工工资总额的百分之二向工会拨缴的经费；前款第二项规定的企业所得税申报、事业单位拨缴的经费在税前列支。”；新《工会法》是在2001年10月修订的，这与国税发[2000]678号文件规定，企业按每月全部职工工资总额的2%向工会拨交的经费，凭工会组织开具的《工会经费拨缴款专用收据》在税前扣除。”的说法是一致的，但国家税务总局刚发布的国税发[2006]56号文件，按计税工资的2%计提并上缴的才允许扣除的规定[注]又与国税发[2000]678号文件精神相悖。
注：《国家税务总局关于工会经费税前扣除问题的通知》（国税函[2000]678号）中所称每月全部职工工资，是指按税收规定允许税前扣除的工资额。该数额是允许税前扣除的工会经费的计算基数。
疑问：文件打架，会引起纳税纠纷。在纳税上，应以国家税务主管部门的文件为准，但当《工会法》在此，涉及法与规章的较量时，你说谁对？法院一般判税务局败诉，因为《工会法》的级次高于税收法规。
建议：再明确。
三、投资收益的无需还原问题
财政部国家税务总局关于印发《企业所得税申报若干政策问题的规定》的通知（财税[1994]009号）文件规定：联营企业所得税申报投资方从联营企业分回的税后利润，如投资方企业所得税申报税率低于联营企业、不退还所得税，如投资方企业所得税申报税率高于联营企业所得税申报的，投资方企业所得税申报分回的税后利润应按规定补缴所得税。补缴所得税的计算公式
1.来源于联营企业的应纳税所得额：投资方分回的利润额÷（1－联营企业所得税申报税率）
2.应纳所得税额＝来源于联营企业的应纳税所得额×投资方适用税率
3.税收扣除额＝来源于联营企业的应纳税所得额×联营企业所得税申报 税率
4.应补缴所得税额＝应纳所得税额－税收扣除额
企业所得税申报对外投资分回的股息、红利收入暂比照联营企业的规定进行纳税调整。
国家税务总局《关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发[2000]118号）文件规定，凡投资方企业所得税申报适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税申报。
而在国税发[2006]56号文件只是就“申报表主表第2行投资收益”作出“在此行不做还原计算”的规定，新纳税申报表主表的填报说明中也作出投资收益“金额无需还原计算”的规定。
疑问：两者是否前后矛盾？后一文件说到底是个填表说明，作为今后长期使用的规定似乎有失规范及严肃性。
建议：再明确、再规范。
四、三项所得（收入）分五年纳税问题
纳税人在一个纳税年度发生的非货币性资产投资转让所得、债务重组所得、捐赠收入占应纳税所得50%及以上的，并入一个纳税年度缴税确有困难，可以在不超过5年的期间均匀计入各年度的应纳税所得。
经纳税调整后，若纳税人当年发生亏损，则可以认定上述所得（收入）超过当年应纳税所得的50%；若纳税人当年有应纳税所得，则以上述所得（收入）与当年应纳税所得之比确定。当年实现应纳税所得是指上述所得（收入）未计入当年应纳税所得额的应纳税所得。实际中，当上述比率等于或大于50%时，纳税人一般会选择在五年期间均匀计入各年度的应纳税所得。
疑问：对“非货币性资产投资转让所得”、“债务重组所得”，在附表一（1）14行“处置非货币性资产视同销售的收入”、附表二（1）15行“处置非货币性资产视同销售成本”相应项目填列；“接受捐赠收入”在附表一（1）27行“接受捐赠的资产”项目填列，但看不出是否包括分五年并入应纳税所得额的情形。
建议：方法一：进一步明确。
方法二：对以前年度的三项所得需并入纳税年度的应纳税所得额的作为“纳税调整增加项目明细表”的“以前年度非货币性资产投资转让所得、债务重组所得、捐赠收入的并入额”项目单独列示。
